Pada masa ini, Portugal membagi pulau Timor dengan Hindia-Belanda dan setelah 1949, Indonesia. Nama Timor Portugis kemudian tidak dipakai lagi sejak 1975, setelah invasi Indonesia tak lama setelah pernyataan kemerdekaan unilateral Timor Timur. Timor Portugis pun menjadi Timor Timur, salah satu provinsi di Indonesia. Secara teknis Timor Portugis baru dinyatakan sebagai sudah tidak ada lagi pada 20 Mei 2002, ketika Timor Leste dideklarasikan sebagai negara merdeka.
